Umumnya, program memory optimizer akan mencoba membebaskan memory (RAM) dengan cara memindahkan data-data yang ada di RAM ke dalam memory virtual (paging file) di harddisk, sehingga RAM yang bebas (free memory) selalu tersedia. Hanya saja ketika membaca ulang data di paging file ketika dibutuhkan akan membuat komputer seperti tidak merespon instruksi dari penggunanya, karena masih sibuk dengan urusannya sendiri di paging file.
CleanMem bekerja dengan pendekatan yang berbeda. CleanMem tidak membersihkan memori dari proses itu sendiri, melainkan meminta Windows untuk melakukan hal itu. Ketika dijalankan, CleanMem akan memeriksa proses yang berjalan, kemudian memanggil Windows API (Application Programming Interface) untuk melepaskan memory dari proses-proses yang sudah tidak diperlukan lagi. Setelah semua itu selesai, CleanMem akan menutup dirinya sendiri.
Satu hal lagi, CleanMem tidak menetap di memory secara resident, melainkan bekerja secara otomatis setiap 30 menit sekali tanpa perlu campur tangan dari kita. Ini bisa dilakukan karena CleanMem menggunakan fasilitas task schedular Windows.